Daar de duur van een consult door de uitgebreide homeopathische anamnese in het algemeen langer is dan regulier gebruikelijk, liggen de kosten van de consulten hoger. Daarentegen hoeft de patiënt , zeker als eenmaal een goed middel gevonden is, niet vaak terug te komen. De kosten van de homeopathische geneesmiddelen, ook de magistraal bereide, zijn laag, ongeveer tussen de 10-20 euro per verpakking. Bedenk dat er meestal één middel wordt voorgeschreven. De meeste ziektekostenverzekeringen vergoeden de kosten van homeopathische behandeling vanuit de aanvullende verzekering. Meestal wordt een maximaal dagbedrag gehanteerd.