Onder fytotherapie verstaat men het therapeutisch gebruik van plantaardige geneesmiddelen ofwel kruiden. Doordat een groot deel van de homeopathische geneesmiddelen ook uit planten of delen van planten wordt bereid, kan verwarring ontstaan.
Het grote verschil met de homeopathie is enerzijds de keus van het middel, anderzijds de gebruikte sterkte. Bij fytotherapie wordt een geneesmiddel niet volgens de similia-regel gekozen. De keus vindt plaats op grond van het bestrijden van klachten of symptomen, daarmee komt de fytotherapie overeen met de reguliere geneeskunde. Dus bij koorts geef je een middel dat koorts doet dalen en niet een middel dat – zoals in de homeopathie – koorts kan oproepen. Het andere belangrijke verschil is dat fytotherapeutische geneesmiddelen niet worden gepotentieerd. Er zijn verschillende toedieningsvormen van kruiden. De traditionele vorm is het gebruik als kruidenthee, waarvan men dan meerdere kopjes per dag kan drinken. Soms worden ze gebruikt als alcoholische tinctuur om verdund in water in te nemen. Ook levering in capsules is mogelijk. Steeds meer ziet men capsules met een gestandaardiseerde hoeveelheid werkzaam plantaardig extract per capsule.
Orthomoleculaire preparaten zijn onder andere vitamines en mineralen. Ze zijn bedoeld om in het lichaam tekorten aan te vullen volgens het inzicht van de orthomoleculaire geneeskunde. Het zijn veelal natuurlijke middelen, niet gepotentieerd, en niet volgens de similia-regel gekozen.