De medische praktijk was in begin van de 19e eeuw gebaseerd op middeleeuwse tradities.
Terwijl de natuurwetenschappen een sterke ontwikkeling doormaakten bleef de geneeskunde steken op het niveau van de middeleeuwen. Dit was voor de sterk wetenschappelijk ingestelde Hahnemann een gruwel. In de inleiding van het Organon beschreef hij de stand van zaken uitvoerig. Hij nam geen genoegen met de werkwijze van de toen algemeen geaccepteerde geneeskunde en was zoekend naar een wetenschappelijk fundament voor de geneeskunde. Zijn grootste kritiekpunten waren:
- De opvattingen en therapie stoelen op kritiekloze overlevering van leermeester op leermeester. Het onderwijs in de geneeskunde bestaat uit het voorlezen ex cathedra van de geneeskundige standaardwerken van bedenksels die niet aan de praktijk zijn getoetst. Het klinisch onderwijs ontbreekt.
- De opvattingen gaan uit van een materieel ziektemodel. Ziekte is een onbekend ‘ding’ dat in het lichaam is binnen gedrongen en dat er door aderlaten en sterk purgeren uitgedreven moet worden. Dit alles verzwakt slechts de patiënt en er overlijden vele patiënten enkel en alleen aan de overmatige aderlatingen. Hahnemann gaat dan ook fel tegen het aderlaten en purgeren tekeer, zo de woede van de toenmalige medische stand op zijn hals halend.
- De geneesmiddelen die veelvuldig worden toegepast zijn in hun werking onbekend en niet enkelvoudig onderzocht. Gedegen onderzoek naar de toepasbaarheid van geneesmiddelen ontbreekt. Vele middelen worden zomaar in veel te sterke doseringen toegediend en voeren zo vele mensen naar de dood, bijvoorbeeld overmatige kwiktoediening bij de behandeling van syfilis. Verder worden de medicijnen volgens irrationele recepten, die ook weer zijn overgeleverd, tot mengsels samengevoegd, waarvan de werking nog minder vaststaat. Door deze constateringen haalde hij de woede van de apothekers op zijn hals.
Hij maakt zich sterk voor een eigen onafhankelijk onderzoek onder het motto “Aude Sapere” (durf te denken). Met dit motto opent hij zijn eerste boek, het “Organon der rationellen Heilkunde (1810”), waarin hij de homeopathie als geneesmethode vastlegt.