Hierbij vormt de klinische diagnose het uitgangspunt voor de homeopathische geneesmiddelkeus. Er wordt een keus gemaakt uit een beperkt aantal enkelvoudige homeopathische geneesmiddelen op grond van het klinisch beeld.Per diagnose worden, naar gelang de verschillende uitingsvormen en modaliteiten van de ziekte, verschillende homeopathische geneesmiddelen overwogen en kan een keus gericht op het ziektebeeld worden gemaakt.
Bijvoorbeeld: bij de diagnose maagzweer kan men denken aan het middel Phosphor, vooral als er brandende pijnen zijn met veel dorst en als de pijn vermindert door eten.Als er bij de maagzweer brandende pijn aanwezig is die verbetert door kleine slokjes warme drank en als de patiënt angstig en onrustig is, dan kan men Arsenicum overwegen.Zijn er stekende pijnen die gelokaliseerd zijn op een klein plekje met één vinger aan te wijzen dan kan Kalium bichromicum het passende middel zijn.Lijdt een patiënt aan meerdere aandoeningen, dan wordt het mogelijk geacht per aandoening meer middelen tegelijk voor te schrijven, al dan niet in afwisseling. Soms wordt een constitutioneel basismiddel gecombineerd met meer orgaangerichte middelen, vaak in lage potentie.Voorstanders van deze manier van werken hopen hiermee ook meer in de lijn van de reguliere geneeskunde te blijven en zo de homeopathie in regulier medische kringen beter geaccepteerd te krijgen. Artsen zijn gewend hun therapie vanuit de medische diagnostiek te kiezen. In de tijd van Hahnemann was er veel discussie over deze manier van voorschrijven; Hahnemann zelf nam hier afstand van in felle bewoordingen.Het voordeel is dat er sneller gewerkt kan worden, er geen ellenlange anamneses hoeven te worden afgenomen en de praktijk goed aansluit bij de gebruikelijke manier van werken en denken van artsen. Vooral in Duitsland en Frankrijk heeft deze vorm van homeopathie veel navolging gevonden.